Introducción al manejo y análisis de datos de secuenciación Masiva de ADN.

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Recepción
de solicitudes

Del 19 de Abril al 29 de Julio del 2017,
sujeto a disponibilidad, vía la Solicitud de inscripción

Objetivo


Este curso de nivel introductorio,
proporcionará a los participantes los conceptos y habilidades
básicos para el uso, manejo y análisis primario de datos de
secuenciación Masiva de ADN.

 

Contenido:


Iniciamos con un módulo
de UNIX, donde revisaremos los comandos básicos para manejo y
manipulación de archivos trabajando en un ambiente de línea de
comandos (no interfaz gráfica). Continuamos con
la revisión de las últimas tecnologías de secuenciación Masiva de ADN, sus
aplicaciones, ventajas, desventajas, eficiencia y costos.
Revisaremos el flujo de trabajo de un análisis de datos primario,
revisando los principales formatos. Aprenderemos a generar e
interpretar gráficas que aseguren la calidad y limpieza de los
datos. Aprenderemos a usar SAMtools y BamTools para manipular
archivos en formato FASTQ, SAM o BAM. Finalizaremos analizando
algunos programas de alineamiento de secuencias.

 

Temario:


 

  1. Módulo 1.  Introducción a las tecnologías de
    Secuenciación Masiva de ADN
  2. Módulo 2.  Introducción a UNIX/LINUX.
      • Comando básicos
      • Manipulación archivos
      • Manejo de directorios
  3. Módulo 3.  Introducción al Análisis Primario:
      • Formatos FASTQ, SAM, BAM, CRAM, VCF
      • Evaluación de la calidad
      • Limpieza de datos
  4. Módulo 4.  Alineamiento de secuencias cortas vs. genoma de referencia
      • uso de  Samtools
      • uso Bamtools
      • Alineamiento de secuencias cortas vs. genomas de referencia;

 

Dirigido a:


 

Audiencia con conocimientos de biología y
conocimientos o interés en biología molecular, genomica y
bioinformática.

Se extenderá constancia de participación
a los asistentes, que hayan concluido su proceso de inscripción,
realizado su pago y tengan al menos 80% de asistencia.
No es necesario que traigan computadora, ya que el
curso se imparte en las terminales de la licenciatura conectadas a
nuestro propio servidor, donde ya estan instalados todos los paquetes y
programa que revisaremos. El manual del curso se podrá entegrar
impreso o digital.

 

Fechas del curso:


Del martes 1 al viernes 4 de Agosto de 2017

 

Horario:


De 9:00 am a 2:00 pm y de 3:30 pm a 5:30 pm

Costo:


$2,950.00 pesos publico en general, $2,150.00
estudiantes. Si requiere factura, favor de presentar sus datos
fiscales.

 

Modo de Pago:


Una vez que el interesado llene la solicitud de inscripcion y sea acrptado, le sera enviada una ficha referenciada para realizar el respectivo deposito en Bacomer via email. En caso de no ser aceptado, se hará una lista
de espera en caso de alguna cancelación.
Por lo tanto requerimos
su confirmación después de su aceptación para generar la ficha.
Por favor, en caso de cancelaciones, avisar con anticipación para
liberar el lugar.

En caso de realizar el
pago con algún recurso dentro de la UNAM, solicitar la cotización
vía email (cursos_usmd @ibt.unam.mx).

 

Lugar ¿Como llegar?


Rutas de Acceso al Centro de ciencias Genómicas de la UNAM

El curso se llevará a cabo en un aula del edificio de la licenciatura en Ciencias Genómicas, que se encuentra dentro de las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas, que a su vez está localizado en el Campus Morelos de la UNAM, en el norte de la ciudad de Cuernavaca, dentro del campus chamilpa de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Mapa

Para llegar en Automovil:

Desde la Cd. De Mex: Tomando la autopista México-Acapulco al sur de la ciudad de México (aproximadamente a 1 hora). El costo de la caseta es de $74.00 pesos.

Por Autobus:

1. Desde la terminal de Autobuses del sur Taxqueña en la ciudad de México: Puedes tomar un autobus a la “terminal la selva” y puedes pedir al chofer que te baje en la glorieta de la paz. El viaje dura aproximadamente 1:20 minutos de terminal a terminal y tiene un costo de $125.00 o $135.00 pesos (Dependiendo del servicio solicitado). En la glorieta puedes tomar un taxi hacia la Universidad (El costo debe ser de $40 pesos aproximadamente) Existe un servicio publico (conocida por los locales como “ruta 13”) que pasa frente a la terminal de autobuses la selva, y que pasa luego por la glorieta de la paloma para llegar finalmente a la universidad con un costo de $8.00 por persona.

2. Desde el aerpuerto de la ciudad de México: Hay una corrida de autobuses de Pullman de Morelos que por $240 pesos, te lleva a la terminal de la selva en Cuernavaca. Frente a la terminal puedes tomar la ruta 13 hacia la Universidad o un taxi que te debe cobrar alrededor de $40 pesos.

 

Opciones de hospedaje


Las opciones de hospedaje estan en orden de menor a mayor precio y de menor a mayor distancia:

La opción mas cercana de hospedaje, se encuentra frente a la barda de la UNI (universidad Autónoma del estado de Morelos) Es un hotelito sencillo, puedes llegar en 15 o 20 minutos de caminata a las instalaciones de ccg, y el precio varia de $350.00 a $1200.00 dependiendo de la habitacion. vistauniversidad.com

Otra opción muy económica es Villa Calmecac   El precio es alrededor de 250 pesos por persona. Y esta a unos 15 minutos en auto:

Una opción con una hermosa vista de la ciudad y a 15 min en auto es GS Hoteles..

Un precioso hotel rodeado de agradables jardines, a unos 20 minutos en auto es Posada Tlaltenango

Recepción
de solicitudes


Del 19 de Abril al 29 de Julio del 2017,
sujeto a disponibilidad, vía la Solicitud de inscripción

Programa


 

Día 1. Martes 1 de Agosto 2017. Introducción a las Metodologías y a Unix

HORARIO

TEMA

PONENTE

9:00 a 10:00 Registro de participantes. Entrega de Material
10:00 a 10:15 Presentación
del curso. Módulos y profesores. Horarios
Alejandro Sánchez
10:15 a 11:50 Módulo 1. Introducción a las Metodologías de secuenciación Masiva Alejandro Sánchez
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 2. Introducción a Unix Parte 1: Fundamentos Jerôme Verleyen
2:00 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Módulo 2. Introducción a Unix Parte 1 Jerôme Verleyen

 

Día 2. Miércoles 2 de Agosto 2017. Introducción al Análisis Primario

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 11:50 Modulo 2. Introduccion a Unix Parte 2: Manejando datos de NGS Jerôme Verleyen
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 2. Introducción a Unix Parte 2 Jerôme Verleyen
2:00 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Módulo 2. Introducción a Unix Parte 2 Jerôme Verleyen

 

Día 3. Jueves 3 de Agosto 2017. Introducción al Análisis Primario

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 11:50 Módulo 3: Introducción al Análisis Primario
Flujo de trabajo y formatos de achivos
Verónica Jiménez Jacinto
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 3: Introducción al Análisis Primario
Análisis de la Calidado
Verónica Jiménez Jacinto
2:00 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Módulo 3: Introducción al Análisis Primario
Limpieza de datos
Verónica Jiménez Jacinto

 

Día 4. Viernes 4 de Agosto de 2017. Alineamientos y SAMTools

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 11:50 Módulo 4: Alineamientos y Uso de SAMTools y BamTools Leticia Vega
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 4: Alineamientos y Uso de SAMTools y BamTools Leticia Vega
2:00 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Sesión Práctica Final Todos.

 

Material del curso


Liga de descarga de la imagen de maquina virtual que incluye todas las herramientas del curso
 
Liga de presentacion del Módulo 2 parte 1 -> Aquí

Liga de presentacion del Módulo 2 parte 2 -> Aquí

Liga de presentacion del Módulo 4 -> Aquí

 
Referencia de comandos de UNIX -> Aquí

Atajos de teclado en UNIX -> Aquí