Curso Integral para el Análisis de Datos de Genómica y transcriptómica.

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Recepción
de solicitudes

Del 22 de Noviembre del 2017 al 8 de enero del 2018,
sujeto a disponibilidad, vía la Solicitud de inscripción

Objetivo

Proporcionar a los participantes los conceptos y habilidades básicas de herramientas bioinformática para el uso, manejo y análisis de datos de datos genómicos y transcriptómicos. Proporcionar las bases metodológicas para el diseño experimental en estas areas. Finalmente se proporcionarán las bases para la interpretación de los resultados.

 

Contenido y temario:


 

    SEMANA 1. Herramientas Bioinformáticas Unix, Bash, NCBI, AWK, R, python:

       

      • Sistema operativo UNIX, donde revisaremos desde los comandos básicos para manejo y manipulación de archivos trabajando en un ambiente de línea de comandos (no interfaz gráfica).
      • Bases de datos biológicas de NCBI.
      • Lenguaje AWK, donde aprenderemos para manipular archivos, unir, ó filtrar con mas de una condición, a nivel de linea de comandos.
      • Lenguaje R, para análisis estadístico y generación de gráficos de calidad para publicación.
      • Lenguaje Python, que actualmente es uno de los lenguajes mas usados en la Bionformática.

    SEMANA 2. Diseño Experimental y Análisis de datos Genómicos y Transcriptomicos:

       

      • Introducción a las tecnologías de Secuenciación Masiva de segunda y tercera generación.
      • Diseño experimental de proyectos genómicos y transcriptómicos.
      • Control de calidad y filtros de datos, alineamiento y manejo de bamtools y samtools.
      • Ensamblado de genomas y transcriptomas.
      • Predicción y anotación de genes.
      • Análisis de Expresión diferencial.

 

Dirigido a:

Audiencia con conocimientos de biología y conocimientos o interés en biología molecular, genómica y bioinformática.

Se extenderá constancia de participación a los asistentes, que hayan concluido su proceso de inscripción,
realizado su pago y tengan al menos 80% de asistencia.
 
La primer semana, es opcional si quieren traer su computadora personal o no.
La segunda semana, no es necesario que traigan computadora, ya que el curso se imparte en las terminales de la licenciatura conectadas a nuestro propio servidor, donde ya están instalados todos los paquetes y programa que revisaremos.

 

Fechas del curso:


Semana 1: Del lunes 15 al viernes 19 de enero de 2018
Semana 2: Del lunes 22 al miércoles 24 de enero de 2018

 

Horario:


De 10:00 am a 2:30 pm y de 3:30 pm a 6:00 pm

Costos:


Semana 1:
$2,500.00 pesos estudiantes (con comprobante que los acredite como tal) y $2,800.00 pesos público en general.
 
Semana 2:
$3,500.00 pesos estudiantes (con comprobante que los acredite como tal) y $3,800.00 pesos público en general
 
Ambos Cursos:
$5,000.00 pesos estudiantes (con comprobante que los acredite como tal) y $5,600.00 pesos público en general.
 
Los costos incluyen cafe y fruta para el coffee break y un lunch para la comida.
 
Si requieres factura, te enviaremos un formato de solicitud de factura, sin embargo, solo podremos facturar pagos realizados a partir del 1 de enero de 2018
Los pagos realizados durante 2017, no podrán ser facturados.

Si no requieres factura, puedes realizar el pago en cuanto recibas tu notificación de aceptación.

A partir 13 de diciembre publicaremos la lista de aceptado en esta misma pagina.

 

Modo de Pago:


Una vez que el interesado llene la solicitud de inscripcion y reciba el correo de haber sido aceptado o aparezca en la lista de aceptados que sera publicada la segunda semana de diciembre, le será enviada las intrucciones para realizar el pago respectivo en Bancomer. En caso de estar en lista de espera se le notificará apartir del 8 de enero si existe alguna cancelación.
Por favor, en caso de cancelaciones, avisar con anticipación para
liberar el lugar.

En caso de realizar el pago con algún recurso dentro de la UNAM, solicitar la cotización
vía email (cursos_usmd @ibt.unam.mx).

 

Lugar ¿Como llegar?

Rutas de Acceso al Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM

El curso se llevará a cabo en un aula del edificio de la licenciatura en Ciencias Genómicas, que se encuentra dentro de las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas, que a su vez está localizado en el Campus Morelos de la UNAM, en el norte de la ciudad de Cuernavaca, dentro del campus chamilpa de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Mapa

Para llegar en Automovil:

Desde la Cd. De Mex: Tomando la autopista México-Acapulco al sur de la ciudad de México (aproximadamente a 1 hora). El costo de la caseta es de $74.00 pesos.

Por Autobus:

1. Desde la terminal de Autobuses del sur Taxqueña en la ciudad de México: Puedes tomar un autobus a la “terminal la selva” y puedes pedir al chofer que te baje en la glorieta de la paz. El viaje dura aproximadamente 1:20 minutos de terminal a terminal y tiene un costo de $130.00 o $140.00 pesos (Dependiendo del servicio solicitado). En la glorieta puedes tomar un taxi hacia la Universidad (El costo debe ser de $40 pesos aproximadamente) Existe un servicio publico (conocida por los locales como “ruta 13”) que pasa frente a la terminal de autobuses la selva, y que pasa luego por la glorieta de la paloma para llegar finalmente a la universidad con un costo de $8.00 por persona.

2. Desde el aerpuerto de la ciudad de México: Hay una corrida de autobuses de Pullman de Morelos que por $240 pesos, te lleva a la terminal de la selva en Cuernavaca. Frente a la terminal puedes tomar la ruta 13 hacia la Universidad o un taxi que te debe cobrar alrededor de $40 pesos.

 

Opciones de hospedaje


Las opciones de hospedaje estan en orden de menor a mayor precio y de menor a mayor distancia:

La opción mas cercana de hospedaje, se encuentra frente a la barda de la UNI (universidad Autónoma del estado de Morelos) Es un hotelito sencillo, puedes llegar en 15 o 20 minutos de caminata a las instalaciones de ccg, y el precio varia de $350.00 a $1200.00 dependiendo de la habitacion. vistauniversidad.com

Otra opción muy económica es Villa Calmecac El precio es alrededor de 250 pesos por persona. Y esta a unos 15 minutos en auto:

Una opción con una hermosa vista de la ciudad y a 15 min en auto es GS Hoteles..

Un precioso hotel rodeado de agradables jardines, a unos 20 minutos en auto es Posada Tlaltenango

Recepción
de solicitudes


Del 22 de Noviembre del 2017 al 8 de enero del 2018,
sujeto a disponibilidad, vía la Solicitud de inscripción

 

Calendario Semana 1. Herramientas Bioinformáticas Unix, Bash, NCBI, AWK, R, Python

Día 1. Lunes 15 de enero de 2018.

HORARIO

TEMA

PONENTE

9:00 a 9:45 Registro de participantes. Entrega de Material
9:45 a 10:00 Presentación
del curso. Módulos y profesores. Horarios
Alejandro Sánchez
10:00 a 12:15 Linux, Bash Jérôme Verleyen
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Linux, Bash Jérôme Verleyen
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 6:00 Linux, Bash Jérôme Verleyen

 

Día 2. Martes 16 de enero de 2018

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Linux, Bash Jérôme Verleyen
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Linux, Bash Jérôme Verleyen
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 6:00 NCBI y bases de Datos Biológicas Jérôme Verleyen

 

Día 3. Miércoles 17 de enero de 2018

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Lenguaje AWK Verónica Jiménez
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Lenguaje AWK Verónica Jiménez
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 6:00 Lenguaje AWK Verónica Jiménez

 

Día 4. Jueves 18 de enero de 2018

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Lenguaje R para análisis estadístico y generación de gráficos Daniela Ledezma
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Lenguaje R para análisis estadístico y generación de gráficos Daniela Ledezma
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 6:00 Lenguaje R para análisis estadístico y generación de gráficos Daniela Ledezma

 

Día 5. Viernes 19 de enero de 2018

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Lenguaje Python Leticia Vega
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Lenguaje Python Leticia Vega
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 6:00 Lenguaje Python Leticia Vega

 

Calendario Semana 2. Diseño Experimental y Análisis de datos Genómicos y Transcriptomicos

Día 1. Lunes 22 de Enero 2018.

HORARIO

TEMA

PONENTE

9:00 a 9:45 Registro de participantes. Entrega de Material
9:45 a 10:00 Presentación
del curso. Módulos y profesores. Horarios
Alejandro Sánchez
10:00 a 11:00 Introducción a las metodologías de Secuenciación Masiva Alejandro Sánchez
11:00 a 12:15 Diseño Experimental Génomica y Transcriptomica Alejandro Sánchez
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 1:30 Diseño Experimental Génomica y Transcriptomica Alejandro Sánchez
1:30 a 2:30 Análisis de calidad y formatos comunes Verónica Jiménez
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Alineadores y herramienta bamtools y samtools Verónica Jiménez
5:30 a 6:00 Practica General

 

Día 2. Martes 23 de enero 2018

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Introducción a los conceptos básicos de reconstrucción de secuencias.
– OLC
– Gráficas de De Bruijn
Alejandro Sánchez
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas largas Karel Estrada
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Mejoramiento de ensamble Karel Estrada
5:30 a 6:00 Practica General

 

Día 3. Miércoles 24 de Enero de 2018.

HORARIO

TEMA

PONENTE

10:00 a 12:15 Transcriptoma de Novo Con Trinity Verónica Jiménez
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 2:30 Predicción de Genes y anotación Karel Estrada
2:30 a 3:30 Comida
3:30 a 5:30 Expresion Diferencial Verónica Jiménez
5:30 a 6:00 Practica General

 

 

Lista de aceptados para el curso de Herramientas Bioinformáticas Unix, Bash, NCBI, AWK, R, Python (Del 15 al 19 de enero)

APELLIDOS

NOMBRE

INSTITUCIÓN

Adame García Jacel Tecnológico Nacional de México
Aragón Gómez Wendy Ivette UNAM
Ballesteros Villascán Judith BUAP
Calzada Hernández Raúl Alejandro UNAM
Castro Valenzuela Beatriz Elena UACH
Chávaro Ortiz María del Socorro UNAM
Chávez Maya Fernando UNAM
Cobos Justo María Elena BUAP
Damián Almazo Juanita Yazmin UPEMOR
De los Santos Alegría Alejandra Janet UNAM
Donjuan Guerrero Edgar Axel UNAM
Escobar Tovar Lina María del Mar UNAM
Espinosa Romero José Francisco UNAM
Félix López Daniela Guadalupe CICESE
González Buenfil Ram BUAP
González Coronel José Manuel UNAM
González Paredes Yessica UNAM
Gracia Rodríguez Celeste Fidencia UANL
Hernández Mendoza Armando UAEMorelos
Jauregui Zuñiga David UNAM
Jiménez Niebla Jorge Luis UNAM
Juarez Davalos Thalia IPN
Labastida Conde Rosario Guadalupe UUSMB
Laguna Agreda Kenny Alejandra Cinvestav
Luna Rodríguez Mauricio Universidad Veracruzana
Martínez Santana Adrián UNAM
Mendieta Condado Edgar Ruben InDRE
Navarro Miranda Marisol UNAM
Ortega Mayagoitia Elizabeth UNAM
Pérez Miranda Sandra IPICYT
Ramos Garza Juan UVM
Rodríguez García Edgar UNAM
Salinas Estrella Elizabeth INIFAP
Segura Leon Obdulia Lourdes Colegio de Postgraduados
Solano De la Cruz Marco Tulio Universidad Veracruzana
Solorzano Lujano Sofia UNAM
Torres Carrillo Nora Magdalena UAG
Uriostegui Arcos Maritere UNAM
Vallejo García Luz Cristina UNAM
Vazquez Cruz Candelario BUAP

 

Lista de aceptados para el curso de Diseño Experimental y Análisis de datos Genómicos y Transcriptomicos (Del 22 al 24 de enero)

APELLIDOS

NOMBRE

INSTITUCIÓN

Adame García Jacel Tecnológico Nacional de México
Alcántara Rodríguez José Arturo UNAM
Aragón Gómez Wendy Ivette UNAM
Ayra Pardo Litzy UNAM
Castillo Marenco Tania UNAM
Castro Valenzuela Beatriz Elena UACH
Cervantes Echeverria Melany Josheline UNAM
Chávaro Ortiz María del Socorro UNAM
Chávez Maya Fernando UNAM
Cobos Justo Maria Elena BUAP
De los Santos Alegría Alejandra Janet UNAM
Donjuan Guerrero Edgar Axel UNAM
Escobar Tovar Lina María del Mar UNAM
Espinosa Romero José Francisco UNAM
Félix López Daniela Guadalupe CICESE
González Coronel José Manuel UNAM
González Paredes Yessica UNAM
Hernández Morales José Salvador INMEGEN
Jacinto Vazquez José Juan BUAP
Jauregui Zuñiga David UNAM
Jiménez Niebla Jorge Luis UNAM
Juarez Davalos Thalia IPN
Labastida Conde Rosario Guadalupe UUSMB
Laguna Agreda Kenny Alejandra Cinvestav
López Sánchez Rafael UNAM
Luna Rodríguez Mauricio Universidad Veracruzana
Martínez Santana Adrián UNAM
Mendieta Condado Edgar Ruben InDRE
Navarro Miranda Marisol UNAM
Ortega Mayagoitia Elizabeth UNAM
Pérez Miranda Sandra IPICYT
Pérez Rodríguez Elizabeth INCMNSZ
Ramos Garza Juan UVM
Rico Amador Dulce Karina INMEGEN
Rodríguez García Edgar UNAM
Salinas Estrella Elizabeth INIFAP
Sánchez Reyes Ayixon UNAM
Segura Leon Obdulia Lourdes Colegio de Postgraduados
Solano De la Cruz Marco Tulio Universidad Veracruzana
Solorzano Lujano Sofia UNAM
Torres Carrillo Nora Magdalena UAG
Uriostegui Arcos Maritere UNAM
Vallejo García Luz Cristina UNAM
Vazquez Cruz Candelario BUAP